După ce își sărbătoresc victoria împotriva organizației Al-Thamen, Aladdin și prietenii săi părăsesc tărâmul Sindriei. Odată cu încheierea bătăliei, vine însă și momentul despărțirii. Hakuryuu și Kougyoku sunt chemați înapoi în Imperiul Kou, țara lor natală. Între timp, Aladdin anunță că trebuie să plece spre Magnostadt — un regat misterios condus de magicieni — pentru a investiga evenimentele ciudate ce au loc acolo și pentru a-și perfecționa abilitățile magice. La rândul lor, încurajați de cuvintele lui Aladdin, Alibaba și Morgiana pornesc fiecare în urmărirea propriilor scopuri: antrenamentul și întoarcerea în ținutul natal, respectiv. Magi: The Kingdom of Magic urmărește aventurile acestor prieteni în timp ce fiecare își urmează drumul, confruntându-se cu propriile provocări. Însă o nouă amenințare începe să se contureze, iar un mare război se profilează la orizont...