Au trecut doi ani de la raidul CCG asupra Anteiku. Deși atmosfera din Tokyo s-a schimbat drastic din cauza influenței crescute a CCG, ghoulii continuă să reprezinte o problemă, devenind mai precauți, în special organizația teroristă Aogiri Tree, care recunoaște amenințarea tot mai mare pe care CCG o reprezintă pentru existența lor. Crearea unei echipe speciale, cunoscută sub numele de Echipa Quinx, ar putea oferi CCG impulsul necesar pentru a extermina locuitorii nedoriți ai orașului Tokyo. Fiind oameni care au suferit intervenții chirurgicale pentru a putea folosi abilitățile speciale ale ghoulior, aceștia participă la operațiuni de eradicare a acestor creaturi periculoase. Liderul acestui grup, Haise Sasaki, este un hibrid între ghoul și om, antrenat de faimosul investigator de clasă specială, Kishou Arima. Cu toate acestea, există mai mult decât pare la prima vedere în legătură cu acest tânăr, deoarece amintiri necunoscute îi bântuie mintea, reamintindu-i treptat cine a fost odată.